Mal-wasla tal-Ordni ta’ San Ġwann f’Malta, ġnien partikolari kkultivat kien wieħed mill-ftit postijiet osservati. Fil-post kien hemm rebbiegħa meqjusa bħala vitali għall-Port il-Kbir. Huwa maħsub li l-fonderija tal-Ordni setgħet kienet tinsab fil-Marsa. Matul l-Assedju l-Kbir ta’ Malta tal-1565, il-Marsa kienet tintuża bħala kamp mit-truppi tal-Imperu Ottoman. Wara t-telfa tagħhom, il-Marsa saret post li fih issib numru ta’ postijiet bit-tħawwil tal-qasam tal-vinji li minnhom isir l-inbid. Fil-Marsa kien hemm ukoll pont notevoli li ffaċilita t-triq mill-Birgu għall-inħawi tal-Belt Valletta u viċi versa.
Fis-seklu 17 fil-Marsa kont issib il-mużew storiku magħruf bħala l-Museo di San Giacomo. Dan inħoloq meta Giovanni Francesco Abela qaleb id-dar tiegħu f’mużew li kien l-ewwel wieħed tat-tip tiegħu f’Malta. Ħafna mill-opri tal-arti issa jinsabu fil-Mużew Nazzjonali tal-Arkeoloġija fil-Belt Valletta.
Matul l-imblokk tal-Franċiż fl-1798-1800, ir-ribelli Maltin bnew dik li hija magħrufa bħala l-Marsa Battery u l-Jesuit Hill Battery fil-Marsa bħala parti mill-istrateġija sabiex iduru lill-Franċiżi fil-Port il-Kbir. Iż-żewġ batteriji twaqqgħu wara t-tmiem tal-imblokk.
Port ieħor ġdid inbena fl-1860 taħt il-ħakma tal-Imperu Brittaniku. Dan kien intenzjonat sabiex f’dan is-sit tinbena belt bl-isem ta’ Albert Town, li ġġib isem il-Prinċep Albert. Sal-1890 din il-belt kellha popolazzjoni ta’ aktar minn 600 ruħ, iżda aktar tard din ġiet abbandunata. Fis-seklu 20 żviluppat belt ġdida fis-sit, li ħadet l-isem Marsa wara l-Menqa.